Istana Negeri Kota Kinabalu adalah merupakan Pejabat dan kediaman rasmi Tuan Yang Terutama Yang di-Pertua Negeri Sabah. Sejak merdeka, kuasa eksekutif Negeri Sabah terletak ditangan Tuan Yang Terutama Yang di-Pertua Negeri tetapi fungsi-fungsi eksekutif diserahkan kepada Y.A.B Ketua Menteri dan Suruhanjaya Perkhidmatan Awam Negeri. 

Pejabat ini menjadi Urus Setia kepada Lembaga Pengampunan Negeri. Disamping itu, jabatan ini juga mengendalikan Majlis Istiadat Penganugerahan Darjah-Darjah dan Pingat-Pingat Kebesaran Negeri serta Upacara sambutan rasmi bagi lawatan Ketua-Ketua Negara dan Ketua-Ketua Negeri di Malaysia dimana Tuan Yang Terutama terlibat. Antara upacara rasmi yang dikendalikan oleh Jabatan ini ialah:-

1. Hari Keputeraan Seri Paduka Baginda Yang di-Pertua Agong 
2. Hari Jadi Rasmi Tuan Yang Terutama Yang di-Pertua Negeri Sabah 
3. Hari Kebangsaan Malaysia 
4. Hari-Hari Kebesaran Agama Islam seperti Ma'al Hijrah dan Hari Keputeraan Nabi Muhammad 
5. Menyelaras Istiadat penyampaian bintang-bintang kebesaran negeri. 
6. Menyelaras lawatan rasmi T.Y.T. Yang di-Pertua Negeri 
7. Majlis Santapan Negeri bagi Pembesar-Pembesar Negara dan Negeri di Malaysia

Memandangkan Jabatan tidak terlibat dengan pelaksanaan projek-projek pembangunan maka aktiviti-aktiviti jabatan hanya melibatkan menerima kunjungan orang-orang kenamaan dari luar dan dalam negeri, Pegawai Kanan Persekutuan dan Negeri, Badan-badan sukarela dan Ahli-ahli Perniagaan serta mengadakan majlis-majlis Istiadat dan Upacara-upacara Kerajaan dimana melibatkan Yang di-Pertua Negeri. 

Dimasa depan dijangka lebih ramai para Pelawat dan Pembesar-Pembesar Negara Asing akan mengunjungi Tuan Yang Terutama. Ini bersesuaian dengan dasar Kerajaan Negeri untuk menarik lebih ramai pelaburan asing.